../ IS  
┌tgefi­ gŠ­askjal: Yfirlit
Skjaln˙mer: Rvei-041
┌tg.dags.: 04/29/2019
┌tgßfa: 9.0
2.02.08.57 Kjarnsřrum÷gnun (Polymerase Chain Reaction, PCR)

    PCR er sÚrtŠk fj÷lf÷ldun (afritun/m÷gnun) tiltekinna basara­a Ý DNA-kjarnsřrum. Ef magna ß ra­ir Ý RNA-kjarnsřru ■arf fyrst a­ framkvŠma bakritun/vÝxlritun (Reverse Transcription, RT) til a­ fß cDNA, sem sÝ­an er hŠgt a­ magna upp.




    FrŠ­ilega Štti a­ vera hŠgt a­ fß tv÷f÷ldun eintaka Ý hverri umfer­ vi­ kj÷ra­stŠ­ur, en ■a­ er ■ˇ ekki raunin. Fyrir ■vÝ eru řmsar ßstŠ­ur, t.d. samkeppni milli vÝsa (prÝmera) og magna­rar afur­ar um bindingu vi­ markra­irnar sem ß a­ magna. Yfirleitt er raunhŠft a­ keyra 35-45 umfer­ir, en m÷gnun hŠgir ß sÚr og st÷­vast undir lokin (sjß mynd), auk ■ess sem ruslm÷gnun eykst.

    M÷gnunin byggir ß endurteknum breytingum ß hitastigi (thermocycling) sem er t÷lvustřrt af mikilli nßkvŠmni Ý sÚrst÷ku PCR-tŠki (thermocycler). Algengast er a­ notu­ sÚu ■rj˙ mismunandi hitastig (e­lissvipting - ■ßttap÷run - lenging), en ■ßttap÷run og lenging eru stundum sameinu­ Ý sama hitastigi.


    1. E­lissvipting (denaturation). TvÝ■ßtta DNA er klofi­ Ý ein■ßtta me­ hitun, t.d. 95░C Ý nokkra tugi sek˙ndna.
    2. Ůßttap÷run (annealing). Hitinn er lŠkka­ur nŠgilega miki­ til a­ sÚrtŠkir ein■ßtta fj÷ln˙kleotÝ­b˙tar (prÝmerar, vÝsar) nßi a­ parast vi­ ■Šr basara­ir sem leita­ er a­, sÚu ■Šr til sta­ar Ý sřninu. Ůetta gŠti t.d. veri­ 50░C Ý nokkra tugi sek˙ndna.
    3. Lenging (extension). Hitinn er hŠkka­ur upp Ý kj÷rhitastig hitast÷­ugs ensÝms, t.d. Taq polymerasa, sem prjˇnar vi­ prÝmerana sem hafa parast vi­ kjarnsřrur Ý sřninu og břr ■annig til mˇt■rß­ vi­ ■ann sem fyrir er. Gjarnan 60-72░C Ý nokkra tugi sek˙ndna.

      Ůetta er svo endurteki­ eins og ■urfa ■ykir, oftast 30-45 umfer­ir.


      Aflestur:
      Ţmsar a­fer­ir eru nota­ar til a­ mŠla a­ m÷gnun hafi ßtt sÚr sta­:
    • Einfaldasta a­fer­in Ý hef­bundnu PCR er rafdrßttur og litun, t.d. me­ ethidiumbrˇmÝ­i e­a SYBR green, fl˙rljˇmandi efnasamb÷ndum sem bindast ■ßttanna Ý tvÝ■ßtta DNA og vi­ ■a­ margfaldast fl˙rljˇmun ■eirra. SÝ­an eru teknar myndir af fl˙rljˇmandi "b÷ndum" Ý gelunum undir ˙tfjˇlublßu ljˇsi.
    • Me­ ■vÝ a­ "merkja" vÝsa og/e­a ■reifa me­ virkum efnahˇpum er hŠgt a­ beita řmsum ˙rvinnslua­fer­um eftir a­ m÷gnun er loki­. DŠmi um ■etta eru ELOSA (enzyme-linked-oligosorbent-assay), einf÷ld litrˇfsmŠling sem svipar til ELISA, e­a Luminex xTAG sem byggir ß mun flˇknari tŠkni.
    • ═ sta­ hef­bundins aflesturs me­ gelkeyrslu Ý lok m÷gnunar, er n˙ lesi­ sÚ af me­ mŠlingu ß fl˙rljˇmun me­an ß m÷gnun stendur (rauntÝma PCR). Me­ ■essu mˇti ver­ur rafdrßttur ˇ■arfur.


      Nokkur hugt÷k og skilgreiningar:
    • Nested PCR: Tv÷falt PCR. Fyrst er magna­ upp tilt÷lulega stˇrt svŠ­i, en sÝ­an er teki­ sřni ˙r ■eirri m÷gnun og flutt yfir Ý nřtt PCR me­ vÝsum sem liggja nŠr hvor ÷­rum en fyrri (ytri) vÝsarnir.
    • Semi-nested PCR: LÝka tv÷falt PCR, en hÚr er a­eins ÷­rum vÝsinum ˙r fyrri m÷gnuninni skipt ˙t.
    • Multiplex: Fleiri en eitt sett af prÝmerum saman Ý sama hvarfinu. Ůannig er t.d. hŠgt a­ leita a­ nokkrum ˇlÝkum veirum Ý einu, e­a leita a­ fleiri en einu geni tiltekinnar veiru samtÝmis. Ůetta er mj÷g hagkvŠmt, en kemur oft ni­ur ß nŠmi og veldur oft ruslm÷gnun. Vel ■arf a­ vanda val ß vÝsum ef ■etta ß a­ virka.
    • RauntÝma PCR, rt-PCR: Fylgst er me­ m÷gnun Ý rauntÝma ß t÷lvuskjß, en ekki bara Ý lokin eins og Ý hef­bundnu PCR.
      Til ■ess eru yfirleitt nota­ir fl˙rmerktir ■reifarar (prˇbar).
    Veira (veirur) Kjarnsřra Ger­ prˇfs* Sta­a prˇfs
    Adeno DNA rt-PCR ═ notkun
    Astro RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    Bˇlusˇtt o.fl. orthopoxveirur DNA PCR og rafdrßttur A­eins skv. vi­brag­sߊtlun
    Chikungunya RNA rt-RT-PCR ═ notkun, en sent erlendis til sta­festingar
    CMV (Cytomegaloveira) DNA rt-PCR e­a rt-PCR magnmŠling ═ notkun
    Dengue RNA rt-RT-PCR ═ notkun, en sent erlendis til sta­festingar
    Entero (■.m.t. Coxsackie, ECHO, Polio og Entero 68) RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    EBV (Epstein Barr veira) DNA rt-PCR e­a rt-PCR magnmŠling ═ notkun
    Hepatitis B magnmŠling DNA COBAS TaqMan HBV magnmŠlingarprˇf (Roche) ═ notkun
    Hepatitis C magnmŠling RNA COBAS TaqMan HCV magnmŠlingarprˇf (Roche) ═ notkun
    Hepatitis C veiruarfger­ RNA rt-PCR ═ notkun
    Hepatitis E RNA Nested RT-PCR og rafdrßttur Efnivi­ur til - ekki Ý notkun
    Herpes 6 DNA RT-PCR ═ notkun
    Hettusˇtt RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    HIV-1 magnmŠling RNA COBAS TaqMan HIV-1 magnmŠlingarprˇf (Roche) ═ notkun
    HIV-1- RNA LyfjanŠmi (Therapieresistanz) RNA RT-PCR og ra­greining Sent til ˙tlanda
    Hlaupabˇla/ristill (VZV) DNA rt-PCR ═ notkun
    HSV-1 og 2 (Herpes simplex veirur) DNA rt-PCR ═ notkun
    Infl˙ensa A og B RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    Infl˙ensa A třpugreining (H1/H3/H1pdm09) RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    Infl˙ensa A fuglaflensur (H5/H7) RNA rt-RT-PCR TiltŠkt ef ■urfa ■ykir
    MERS-CoV (Mi­austurlanda-Coronaveira) RNA rt-RT-PCR TiltŠkt, ef ■urfa ■ykir
    Metapneumoveira (hMPV) RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    Mislingar RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    Noro G1 og G2 (Calici) RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    ORF (Slßturbˇla) DNA rt-PCR ═ notkun
    Papilloma (v÷rtuveirur) DNA Sent til ˙tlanda
    Paraecho RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    Parainfl˙ensa RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    Parvo B19 DNA rt-PCR ═ notkun
    Polyoma (JCV/BKV) DNA rt-PCR e­a rt-PCR magnmŠling ═ notkun
    Rota RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    RSV (Respiratory syncytial veirur) RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    Rhino (kvefveirur) RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    Sapo (Calici) RNA rt-RT-PCR ═ notkun
    SARS (HABL) coronaveira RNA Nested RT-PCR og rafdrßttur A­eins skv. vi­brag­sߊtlun
    Zika RNA rt-RT-PCR ═ notkun, en sent erlendis til sta­festingar
        * rt-PCR=rauntÝma-PCR, nested PCR=tv÷falt PCR, RT-PCR=PCR me­ bakritun (RNA), rt-RT-PCR=rauntÝma-PCR me­ bakritun, rt-PCR/rt-PCR magnmŠling=rauntÝma-PCR sem hŠgt er a­ keyra sem magnmŠlingu ef sta­lar (standardar) eru nota­ir.

        Svar
        Mj÷g mismunandi er hversu fljˇtt mß vŠnta svars ˙r PCR-prˇfum.
        Prˇf fyrir herpesveirur og a­rar DNA veirur, noroveirur og ÷ndunarfŠraveirur eru ger­ alla virka daga (sjaldnar ■egar fß sřni berast).
        Prˇf fyrir enteroveirur eru ger­ ■risvar Ý viku.
        Ínnur prˇf (t.d. magnmŠling ß HIV, HBV, HCV o.fl. veirum) eru ger­ sjaldnar og gjarnan reynt a­ safna nokkrum sřnum Ý keyrslu, til a­ draga ˙r kostna­i.
        Sv÷r fyrir sřni sem eru send til erlendra rannsˇknastofa berast yfirleitt u.■.b. viku eftir a­ sřni­ er sent ˙t.

        T˙lkun
        SÚrfrŠ­ilŠknar t˙lka ni­urst÷­ur Ý samrß­i vi­ bei­endur sřna.


        Ritstjˇrn

        KristÝn SigrÝ­ur Sigur­ardˇttir - kristss
        ┴sta Karen Kristjßnsdˇttir - astakk
        Arthur L÷ve
        ┴sgeir Erlendur ┴sgeirsson
        Brynja ┴rmannsdˇttir - brynjaa
        Gu­r˙n Erna Baldvinsdˇttir

        Sam■ykkjendur

        ┴byrg­arma­ur

        Arthur L÷ve

        ┌tgefandi

        KristÝn SigrÝ­ur Sigur­ardˇttir - kristss

        Upp »


        Skjal fyrst lesi­ ■ann 08/24/2011 hefur veri­ lesi­ 12095 sinnum

        © Origo 2019