../ IS  
Útgefið gæðaskjal: Leiðbeiningar
Skjalnúmer: Rsýk-434
Útg.dags.: 10/10/2023
Útgáfa: 2.0
2.02.23 Saur - almenn rannsókn
Hide details for Rannsóknir - Heiti, ábendingar, grunnatriðiRannsóknir - Heiti, ábendingar, grunnatriði
Heiti rannsóknar: Saur - almenn rannsókn
Pöntun: Beiðni um sýklarannsókn eða Cyberlab innan LSH.
Verð: Sjá Gjaldskrá
Mögulegar viðbótarrannsóknir: Saur - sveppir og mýkóbakteríur, Saur - Clostridioides (Clostridium) difficile, Saur - Helicobacter pylori mótefnavakaleit, Saur - sníkjudýr.
    Hide details for ÁbendingÁbending
    Leit að þeim bakteríum og sníkjudýrum, sem helst valda niðurgangi í okkar heimshluta.
    Rannsóknin er ætluð til greiningar á iðrasýkingum í saursýnum frá sjúklingum með einkenni
    og nær til:
    Salmonella (enterica), Shigella (sonnei/flexneri/boydii/dysenteriae)/EIEC (Enteroinvasive
    Escherichia coli), Campylobacter (jejuni/coli/lari),STEC (Shiga-toxín myndandi E. coli),
    Yersinia (enterocolitica), Vibrio (cholerae/parahaemolyticus), Cryptosporidium (parvum/
    hominis), Giardia (lamblia=intestinalis=duodenalis) og Entamoeba (histolytica).
    Hide details for Grunnatriði rannsóknarGrunnatriði rannsóknar
    Greining ofangreindra baktería og sníkjudýra með einangrun erfðaefnis þeirra beint úr saursýnum, sem síðan er magnað upp með kjarnsýrumögnun (PCR).

    Bakteríur:
    Iðrasýkingar eru veigamikil orsök sjúkleika og dauðsfalla um allan heim. Meðal helstu iðrasýkingarvalda úr röðum baktería eru Salmonella enterica, Campylobacter jejuni, Shigella spp. ogShiga-like toxín myndandi Escerichia coli(STEC).

    Aðrar bakteríur tengjast gjarnan "ferðamannaniðurgangi" og skelfiskáti. Skal þar helst nefna Vibrio og Plesiomonas. Escherichia coliaðrir en STEC, s.s. enterotoxigenic (ETEC), enteroinvasive (EIEC), enteropathogenic (EPEC) og enteroaggregative (EAEC) E. coligeta einnig valdið "ferðamannaniðurgangi".

    Enn aðrar bakteríur mynda toxín og tengjast gjarnan matareitrunum (frá fæðu eða vatni): Staphylococcus aureus, Bacillus cereus(einnig B. subtilisog B. licheniformis), Clostridioides perfringensog Clostridioides botulinum. Sýna má fram á tilvist þeirra með (gjarnan magnbundnum) ræktunum og/eða toxínleit í sýnum frá sjúklingum og/eða matvælum. Það er þó ekki gert á Sýkla- og veirufræðideild LSH.

    Clostridioides difficileer algengasta orsök niðurgangs af völdum sýklalyfja ("Antibiotic Associated Diarrhoea", AAD), en fleiri örverur, s.s. C. perfringens, Staphylococcus aureus, Klebsiella oxytoca, Candidaspp. og Salmonellaspp. hafa einnig verið bendlaðar við hann.

    Að lokum skal nefna bakteríur, sem gætu hugsanlega verið valdar að niðurgangi, í þeim tilfellum þar sem leit að algengustu orsakavöldunum hefur verið árangurslaus, gjarnan hjá ákveðnum áhættuhópum eða við sérstakar aðstæður. Þetta eru t.d. Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Helicobacterog Arcobacterspp., Clostridioides septicum, Aeromonas spp., Edwardsiella tardaog Laribacter hongkongensis.

    Sníkjudýr:
    Frumdýrin Giardia og Cryptosporidiumeru landlæg hér á landi og geta valdið meltingarvegseinkennum og/eða niðurgangi sem er venjulega blóðlaus og varir í > 3 daga; sjúklingur er venjulega hitalaus.

    Frumdýrið Entamoeba histolyticafinnst aðallega í suðlægum löndum og er ekki talið landlægt á Íslandi. Það veldur blóðkreppusótt (blóð og slím í hægðum, krampaverkir í endaþarmi) sem getur þróast í alvarlega ristilsýkingu.

    Annað:
    Ekki má heldur gleyma iðrasýkingavöldum öðrum en bakteríum, Giardia, Cryptosporidium og Entamoeba, svo sem öðrum sníkjudýrum (ormar, frumdýr) og veirum (Rota-, Adeno-, Noro-, Sapo-, Astro-).

    Niðurgangur getur einnig átt sér margar aðrar orsakir en sýkingar, t.d. ertandi efni (eins og þungir málmar) í mat, eða undirliggjandi sjúkdómsástand, svo sem bólgusjúkdómar í görn (colitis ulcerosa, Crohn´s sjd.), Irritable Bowel Syndrome, truflanir á frásogi frá meltingarvegi (malabsorbtion) eins og við gluten- eða laktósa óþol ofl. ofl.
    Hide details for SýnatakaSýnataka
      Hide details for Ílát og áhöldÍlát og áhöld
      Sýni er sett í dauðhreinsað saursýnatökuglas með flutningsæti (Cary-Blair) og áfastri skeið í lokinu, sem er utanáskrúfað.
      Ef óskað er eftir ítarlegri sníkjudýraleit en þeirri sem felst í almennu rannsókninni (t.d. leit að ormaeggjum, lirfum og þolhjúpum) skal einnig senda saur í glasi án flutningsætis. Saur - sníkjudýr
      Hide details for Gerð og magn sýnisGerð og magn sýnis
      Ef um niðurgang er að ræða skal taka sýnið frá fljótandi hægðum. Ef slím, blóð eða gröftur er til staðar skyldi taka sýni þaðan.
      Magn sýnis: 2 ml (svarar til 10-20% af flutningsætinu).
      Sýni sem innihalda baríum innhellingarefni henta ekki til rannsóknar.
      Hide details for Lýsing sýnatökuLýsing sýnatöku
      Ýmsar aðferðir hafa verið notaðar við saursýnatöku. Hægðir má losa í hreina bekju eða í kopp sem skolaður hefur verið með sjóðandi vatni. Ef koppur er ekki við hendina, má losa hægðir á pappír eða plastfilmu sem límd er á klósettsetu. Einnig má leggja pappadisk eða skál í salernisskálina, eða kljúfa plastpoka til að fá stóra plastfilmu sem lögð er á milli salernisskálar og setunnar, þannig að filman myndi einskonar skál í salernisskálinni.
      Fyrir sníkjudýraleit er gott að hafa meðgöngutíma sýkinga í huga fyrir tímasetningu sýnatöku; hann er 4-12 dagar fyrir Cryptosporidium spp. og 1 - 4 vikur fyrir Giardia lamblia og Entamoeba histolytica

      Örugg losun sýnatökuefna og áhalda

    Hide details for Sending og geymslaSending og geymsla
      Hide details for FlutningskröfurFlutningskröfur
      Best er að sýnið berist sem fyrst á rannsóknastofuna. Sýni, sem ekki er hægt að rannsaka innan 24 klst. frá töku skal geyma í kæli (2-8 °C) og rannsaka innan 5 daga.

    Hide details for NiðurstöðurNiðurstöður
      Hide details for SvarSvar
      Rannsóknin verður gerð alla virka daga. Niðurstöður munu liggja fyrir samdægurs (ef sýnið berst fyrir kl. 11), eða næsta virka dag.

      Neikvæð niðurstaða: Ekki greindist erfðaefni Salmonella (enterica), Shigella (sonnei/flexneri/boydii/dysenteriae)/EIEC (Enteroinvasive Escherichia coli), Campylobacter (jejuni/coli/lari),STEC (Shiga-toxín myndandi E. coli), Yersinia (enterocolitica), Vibrio (cholerae/parahaemolyticus), Cryptosporidium (parvum/hominis), Giardia (lamblia=intestinalis=duodenalis) og Entamoeba (histolytica).

      Jákvæð niðurstaða: Nafn viðkomandi bakteríu/sníkjudýrs: Erfðaefni finnst.
      Ef um bakteríu er að ræða er sýnið sett í viðeigandi ræktun til nánari greiningar og næmisprófa.
    1. Niðurstöður EntericBio realtime® Dx prófsins skal ávallt túlka með hliðsjón af sögu sjúklings, klínískum einkennum og öðrum rannsóknaniðurstöðum.
    2. Prófið er þáttbundið og því ekki mælikvarði á magn viðkomandi sýkils í sýninu.
    3. Jákvætt próf staðfestir greiningu erfðaefnis, en ekki tilvist lifandi örvera í sýninu.
    4. EntericBio realtime Dx prófið hentar ekki til að staðfesta lækningu (e. clearance/cure) - í slíkum tilvikum hentar ræktun betur.
    5. Til að sýna fram á einkennalaust Salmonella-beraástand hjá einstaklingi, eða að sj. hafi losað sig við bakteríuna eftir sýkingu skyldi rækta sýnið í 24 klst. í auðgunaræti (enrichment broth), áður en það er sett í EntericBio realtime® prófið og/eða setja það í hefðbundna ræktun (með augunarbroði). Þetta skal líka hafa í huga þegar óskað er rannsóknar á formuðum (e. non-liquid) saursýnum sem liður í eftirfylgni með sjúklingum með nýlega sögu um ferðamannaniðurgang
    6. Prófið greinir ekki á milli Campylobacter tegunda (coli, lari eða jejuni).
    7. Prófið greinir ekki á milli Vibrio tegunda (cholerae eða parahaemolyticus)
    8. Prófið greinir ekki á milli stx1 og stx2 gena
    9. Prófið greinir ekki á milli Cryptosporidium tegunda (parvum eða hominis)
    10. Greining erfðaefnisins er háð réttri töku, flutningi, geymslu, meðhöndlun og undirbúningi sýnisins. Séu einhverjir annmarkar á einhverju þessara atriða getur það leitt til rangrar niðurstöðu (t.d. falskt neikvætt svar vegna niðurbrots á erfðaefninu eða ófullnægjandi frumurofs). Best er að rannsaka fersk sýni.

    Hide details for HeimildirHeimildir
    1. Jorgensen JH, Pfaller MA og fél. Manual of Clinical Microbiology. ASM Press, Washington D.C.
    2. Amy L. Leber og fél. Clinical Microbiology Procedures Handbook. ASM Press, Washington D.C.
    3. UK standards for Microbiology Investigations. Investigation of Faecal Specimens for Enteric Pathogens.
    4. https://www.serosep.com/wp-content/uploads/2015/12/EBRT-63-03-User-Manual-EntericBio-Dx-EBGPDx.pdf

      Ritstjórn

      Lena Rós Ásmundsdóttir - lenaros
      Sigríður Sigurðardóttir
      Hjördís Harðardóttir
      Katrín Rún Jóhannsdóttir - katrinrj
      Ingibjörg Hilmarsdóttir
      Álfheiður Þórsdóttir - alfheidt
      Sara Björk Southon - sarabso

      Samþykkjendur

      Ábyrgðarmaður

      Hjördís Harðardóttir

      Útgefandi

      Álfheiður Þórsdóttir - alfheidt

      Upp »

      Skjal fyrst lesið þann 05/10/2023 hefur verið lesið 231 sinnum